Bãi chôn lấp có nhiều phương pháp vận hành.
1. Phương pháp bề mặt
Bản chất của phương pháp này là trải những lớp rác dày 40 – 80cm lên mặt đất phẳng, đầm nén nó và tiếp tục trải những đợt khác lên trên. Cuối ngày hoặc khi lớp rác dày 2 – 2,2m thì phủ một lớp đất dày từ 10 – 60cm lên trên rồi lại đầm nén. Một lớp hoàn chỉnh như vậy gọi là ô rác. Thông thường một con đập bằng đất được làm để rác đổ xuống tỳ vào và để dễ dàng đầm nén rác sau đó.
Phương pháp đổ bề mặt thường được sử dụng ở những nơi có địa hình bằng phẳng và ít nguy hiểm đến nguồn nước ngầm. Phương pháp này là phương pháp kinh tế nhất chỉ yêu cầu đào để có đủ lượng đất phủ. Phương pháp bề mặt thường sử dụng bờ đập nhân tạo để rác tỳ vào. Với phương pháp này, sự di chuyển của xe thu gom và thiết bị bãi dễ dàng và an toàn. Các gò rác của phương pháp này thường có độ cao 15m, dễ dàng cho việc thoát khí metan qua bề mặt nên có thể không cần có thiết bị thu gom khí ga.
2. Phương pháp mương rãnh
Phương pháp mương rãnh rác được đổ vào những mương đào, vật liệu phủ lấy từ đất đào mương lên. Phương pháp này được vận hành cho đến khi đạt được độ cao mong muốn, mương phải đủ dài sao cho có thể đi lại và rác được đổ dễ dàng và đủ hẹp để có thể đổ rác đầy mương vào cuối ngày.
Nếu các mương được đào thành các hàng vuông góc với hướng gió thì sẽ làm giảm đáng kể lượng rác bay bởi gió. Đất đào có thể sử dụng để làm 1 bờ thêm tạm thời trên mặt mương để định hướng dòng nước chảy bề mặt. Đất có sét không thấm nước và mạch nước ngầm thấp là thích hợp đối với phương pháp mương rãnh. Độ sâu của mương tuỳ thuộc vào các điều kiện địa chất của đất và mạch nước ngầm. Thông thường độ sâu của mương khoảng 4 – 5m.
Quá trình vận hành của phương pháp mương rãnh đắt hơn nhiều so với phương pháp bề mặt do chi phí cho việc đào mương và sử dụng thiết bị chuyên dùng. Một chi phí khác nữa là việc vận chuyển đất thừa được đào lên.
3. Phương pháp hồ chứa
Đây là phương pháp sử dụng những hố nhân tạo hoặc tự nhiên cho hoạt động chôn lấp rác, việc đổ rác bắt đầu từ độ cao của hố và kết thúc ở đầu thấp để tránh tình trạng ứ đọng nước và tạo một đập tự nhiên cho đống rác quản lí vào để bắt đầu đầm nén. Hố đổ rác thường thấp hơn so với địa hình xung quanh nên gặp rất nhiều khó khăn cho việc kiếm soát nước bề mặt. các hố khai thác thường thiếu vật liệu phủ nên sự sẵn có vật liệu phụ là mối quan tâm chính khi chọn bãi chôn lấp phế thải theo phương pháp này.